Der Schauplatz des entscheidenden Kampfs ist Xeneroville: Die beiden verfeindeten urzeitlichen Pokémon treffen aufeinander und setzen eine gewaltige Energie frei, welche die gesamte Hoenn-Region zu verwüsten droht! Rubin und Saphir schicken sich an, den Kampf der zerstörerischen Wesen zu beenden, doch führt ihr Weg zunächst zu einer eigenartigen Insel namens Wundereiland ...